南京中医药大学财务处是在校党委、行政领导下，负责本校贯彻落实国家财经政策、法规和会计制度，制定、执行学校财务管理规章制度，维护学校经济稳步运行的学校职能管理处室。其主要职责是：
1． 依法依规提供财经服务和保障工作。贯彻执行党和国家财经、税收方针政策和法律法规，严格遵守《会计法》，为学校事业发展提供财经服务和保障。
2．稳步推进制度建设工作。根据国家有关财经法律、法规制度要求，结合学校管理需要，起草、修订学校的财经制度和实施细则。参与推动学校内部控制建设。
3．参与学校经济活动管理工作。组织编制学校年度经费预算、决算工作，负责学校综合财务计划执行的指导和监督，以及预算的调整工作。负责学校所属单位、全资和控股单位财务工作的业务管理和指导工作。
4．依法依规进行财务收支核算。依法聚财，多渠道筹措办学经费，组织各类合法收入。依法用财，根据会计制度要求做好会计基础规范工作，对学校经济活动进行会计核算和会计监督工作。
5．管好用好各类资金。依法理财，根据需要及时向学校报告财务信息，助力管理层科学决策，促进办学效益提高。根据学校事业发展需要，拟定全校财经工作发展中长期规划和改革方案，不断改进工作，提升财务管理水平。
6．配合校内外部门单位开展工作。积极配合各级政府部门和有关单位，做好发票、收据、税务、收费、银行账户等管理工作。配合学校有关部门协同推进完成各类审计、巡视、检查等工作，如实提供会计资料。配合职能部门加强资产管理工作。
7．加强会计人员队伍建设。依法依规组织会计人员继续教育和培训，会同职能部门做好会计人员的专业职称评聘工作。
8．依法对会计档案进行归档工作。按照规定收集、整理、保管会计档案和有关文书档案的归档工作。
9．完成上级部门和学校交办的其他工作。